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细菌分离

对于单个细菌的克隆，cellenONE为繁琐的克隆采摘方法提供了一个很好的选择。

同时使用IBSCI和FIBSCI技术的系统，在cellenONE上已成功分离出多种细菌对于较小的细菌，应结合使用荧光标记建议使用FIBSCI。

迄今为止成功分离出的细菌属列表：

  • 芽孢杆菌
  • 埃希氏菌属
  • 乳杆菌
  • 微球菌

 

从单个细菌（大肠杆菌和表皮葡萄球菌）生长的菌落的示例，以棋盘状分布在琼脂上。图片由UCSD的Zengler实验室提供

由于细菌的体积非常小，所以只有IBSCITM 才能看到它们。荧光标记有助于成功分离各种菌种的细菌使用FIBSCITM。

微球菌标有 CellTracker Deep Red

大肠杆菌标有 CellTracker Deep Red

Microbial Ecology

微生物对生态系统的变化反应迅速，它们的反应可能会带来严重的后果。 例如，土壤和海洋微生物群受到全球变暖的刺激，导致微生物温室气体排放的反馈增加。同样，我们的肠道菌群受到饮食和生活方式的影响，进而影响我们健康的各个方面，包括免疫反应、精神状态和行为。

微生物生态学研究微生物群的组装和反应，现在需要单一微生物细胞法和cellenONE®，以:

  • 发现稀有微生物种类和功能，
  • 评估微生物种群内的异质性，
  • 阐明基因和功能的网络和共现，
  • 研究物种共存模式

  • 后元基因组学和-元转录组学微生物区系分析

    使用cellenONE®技术进行后元基因组学和-元转录组微生物分析微生物群落机制

    尽管它们在重要的生态系统过程中起着突出的作用，但对集聚和微生物进化的了解却很少。虽然在实验室中只能培养不到1％的原核生物，但是在过去的20年中，元基因组和元转录组研究一直是最主要的微生物学方法：它们允许大量的高影响力发现，但也带来了更多的发现。
    这些问题只能通过访问细菌种群和个体水平来回答。
    最近的进化论，Black Queen 假说（BQH），表明生物可以通过丧失性状或功能来适应环境。

    这些理论和假设无法在自然环境中得到证实，因为通过当前使用的方法，仍无法将功能性状分别归因于不同的人群和个体。
    本课题的目的是探索BQH对组装的影响。

    通过开发单一微生物细胞分离以及单一微生物基因组和转录组测序技术开发微生物群，这超出了元组学的范围。
    该博士项目由Cellenion，ECOBIO，UMR学术合作伙伴与OSUR环境与人类基因组学平台之间进行。

    时间: 1月2020 - 1月 2023

    项目类型: Bourse CIFRE

    涉及合作伙伴:

    谢谢你的合作

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