Contact Chinese Distributor - Worldwide Technology Co., Ltd Shanghai
Tel: +86-21-66621556/57/58/59*8005
Email: [email protected]
通过将高精度的单细胞分离与纳升分配功能相结合,现在可以使用cellenONE使无数的分子生物学和蛋白质组学方案最小化。
如果您已经建立或新颖的协议希望将其小型化,并想了解如何使用cellenONE实施这些协议,请随时通过[email protected]与我们联系。
Cellenion提供了一系列条形码服务,以帮助您将协议实施到cellenCHIP或其他纳米孔底物中。基于溶液的寡聚条形码(例如oligodT条形码)或带条形码的珠子都可以预装在您选择的基材中。
请通过[email protected]与我们联系以了解更多信息。
通过结合cellenONE的单细胞分离和纳升分配功能,Sam Aparicio(温哥华,UBC)和Sohrab Shah(纽约,MSKCC)团队开发了一种可扩展的单细胞全基因组测序方法,称为Direct Library Preparation Plus(DLP+)。
最近,该方法的详细信息以开放获取的形式发表在Cell杂志上。
生成的结果已编译到基于Web的交互式平台(www.cellmine.org)中。
这种经济实惠的低偏差方法允许对各种样品进行深度分析。它可以确定拷贝数变异(CNV),单核苷酸多态性(SNP),聚类分析和系统重建。
现在,该方法已在不列颠哥伦比亚癌症研究中心作为例行程序实施,并被全球领先的研究中心采用。
方法开发者
Clonal Decomposition and DNA Replication States Defined by Scaled Single-Cell Genome Sequencing
Laks et al., 2019, Cell 179, 1207–1221
这些方法现已在这些世界领先的研究中心实施
为了成功地使文库制备最小化,必须使用专为亚微升体积工作设计的底物。
Cellenion开发了cellenCHIP™,这是一种创新的纳米孔芯片,在显微镜载玻片上占地384个孔。
总共可以在cellenONE卡座上放置8个cellenCHIP(3072个单电池)。
使用cellenONE和cellenCHIP来使基于96wp的商业转录组试剂盒(QIAseq UPX 3',Qiagen)小型化。
使用的所有浓度均保持与制造商的建议相同。
通过将反应体积最小化至每孔100nL,可以仅使用一个96wp试剂盒为1536个单细胞(4x cellenCHIP)制备文库。
结果显示在cellenCHIP和96wp中具有同等的性能(UMI和检测到的基因数量/单细胞)!
QIAseq UPX 3' | cellenCHIP |
---|---|
96 unique oligo dT | 96 unique oligo dT |
5 μl/well | 100 nL/well |
96 single cells | 1536 single cells |
€27/cell | €2.5/cell |
以下步骤描述了使用QIAGEN套件,cellenCHIP™和cellenONE®的工作流程
优势
数据与其他scRNA-seq技术定量匹配
将商用96wp套件无缝实现到cellenCHIP中
裂解的最小化和反向带条形码的cellenCHIP中的转录
与96wp格式相比,性能更高
每个单元的成本从27欧元大幅降低到2.5欧元以下
在cellenCHIP中使用了一系列可商购的试剂开发了3'scRNASeq方案。
以下步骤描述了使用cellenCHIP和cellenONE®的工作流程
比较了3种不同的逆转录酶(RTase_1至_3)。
为了验证这些协议,依次将两种细胞类型(HEK和NIH_3T3)作为棋盘图案与几个控件进行了隔离。
用100nL的缓冲液混合物(裂解液和RT试剂)填充OligodT带条形码的孔。
单细胞分离后,将cellenCHIP密封并放入热循环仪中进行逆转录和模板转换反应cellenFUNNELS用于将反应混合物合并到微量离心管中,其余步骤(cDNA扩增,标记和文库扩增)按文献所述进行。
经过测序和生物信息学分析,所有3种酶均显示出可重复的结果。
RTase_1表现最佳,每个单细胞最多可检测7000个基因,而每个单细胞中值可检测5000个基因。
分析了所有文库(Bioanalyzer),并始终显示约500bp的片段。
优势
与多种市售酶和试剂兼容。
该方法适用于从几个(<100)到1000格的各种样本大小的样本。
在cellenCHIP™中100nL裂解和RT联用的简化方案。
低PCR循环次数(<18),可最大程度地减少数据偏差并限制UMI复制。
在生物复制品中观察到高重现性。
高质量,背景极小或为零。
高性能,每个单细胞最多可检测到7000个基因(检测到中位数5000个基因),而所需的读取量却很少(每个单细胞中位数为100,000个映射读取)。
###TEXT###