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用cellenONE制备文库

cellenONE提供了高精度的单细胞分离,但它也提供了许多附加功能来使文库制备小型化

  • 纳升点胶

    cellenONE允许从100pL到几微升的任何试剂的高精度分配

     

  • 高精度定位

    cellenONE使用高分辨率的机器人技术,可将试剂分配在任何亚孔96、384、1536、3456微孔板以及纳米孔底物中(例如cellenCHIP™)

     

  • 环境控制

    cellenONE通过温度,湿度和自动露点控制提供高级环境控制,这是处理亚微升容量时的基本功能

     

  • 多种干预

    与基于微滴的方法无法添加多种试剂不同,cellenONE可以进行多种干预,从而可以实施大多数单细胞组学方法

少量添加试剂:(裂解缓冲液+ RT混合液)添加(40nL /孔)。
鸣谢:DerekBogdanoff。加州大学旧金山分校。 2017年

 

优势

试剂体积减少50倍至100倍

(vs. 96/384wp)

大幅降低成本

单细胞组学方法的实现

较低的背景和更好的敏感性

  • scYour-Seq

    通过将高精度的单细胞分离与纳升分配功能相结合,现在可以使用cellenONE使无数的分子生物学和蛋白质组学方案最小化。

    如果您已经建立或新颖的协议希望将其小型化,并想了解如何使用cellenONE实施这些协议,请随时通过[email protected]与我们联系。

  • 条码服务

    Cellenion提供了一系列条形码服务,以帮助您将协议实施到cellenCHIP或其他纳米孔底物中。基于溶液的寡聚条形码(例如oligodT条形码)或带条形码的珠子都可以预装在您选择的基材中。

    请通过[email protected]与我们联系以了解更多信息。


成功故事: DLP+

通过结合cellenONE的单细胞分离和纳升分配功能,Sam Aparicio(温哥华,UBC)和Sohrab Shah(纽约,MSKCC)团队开发了一种可扩展的单细胞全基因组测序方法,称为Direct Library Preparation Plus(DLP+)。


最近,该方法的详细信息以开放获取的形式发表在Cell杂志上。


生成的结果已编译到基于Web的交互式平台(www.cellmine.org)中。

 

这种经济实惠的低偏差方法允许对各种样品进行深度分析。它可以确定拷贝数变异(CNV),单核苷酸多态性(SNP),聚类分析和系统重建。

现在,该方法已在不列颠哥伦比亚癌症研究中心作为例行程序实施,并被全球领先的研究中心采用。

方法开发者

优势

高质量单细胞全基因组文库

CNV,SNP,聚类分析和谱系重建

5至80μm的任何细胞和细胞核

试剂成本低(0.27美元/细胞)(ref: BioRxiv)

这些方法现已在这些世界领先的研究中心实施

 


带有cellenCHIP™的低成本scRNA-seq库

为了成功地使文库制备最小化,必须使用专为亚微升体积工作设计的底物。

Cellenion开发了cellenCHIP™,这是一种创新的纳米孔芯片,在显微镜载玻片上占地384个孔。

总共可以在cellenONE卡座上放置8个cellenCHIP(3072个单电池)。

如果您希望将文库制备方法的规模缩小到cellenCHIP,请与我们联系并注册我们的早期技术采用者计划(ETAP)。


cellenCHIP中的商用套件小型化

使用cellenONE和cellenCHIP来使基于96wp的商业转录组试剂盒(QIAseq UPX 3',Qiagen)小型化。

使用的所有浓度均保持与制造商的建议相同。

通过将反应体积最小化至每孔100nL,可以仅使用一个96wp试剂盒为1536个单细胞(4x cellenCHIP)制备文库。

结果显示在cellenCHIP和96wp中具有同等的性能(UMI和检测到的基因数量/单细胞)!

QIAseq UPX 3' cellenCHIP
96 unique oligo dT 96 unique oligo dT
5 μl/well 100 nL/well
96 single cells 1536 single cells
€27/cell €2.5/cell

以下步骤描述了使用QIAGEN套件,cellenCHIP™和cellenONE®的工作流程

 

优势

数据与其他scRNA-seq技术定量匹配

将商用96wp套件无缝实现到cellenCHIP中

裂解的最小化和反向带条形码的cellenCHIP中的转录

与96wp格式相比,性能更高

每个单元的成本从27欧元大幅降低到2.5欧元以下


cellenCHIP中的自制3'scRNA-Seq

在cellenCHIP中使用了一系列可商购的试剂开发了3'scRNASeq方案。

以下步骤描述了使用cellenCHIP和cellenONE®的工作流程

比较了3种不同的逆转录酶(RTase_1至_3)。

为了验证这些协议,依次将两种细胞类型(HEK和NIH_3T3)作为棋盘图案与几个控件进行了隔离。

用100nL的缓冲液混合物(裂解液和RT试剂)填充OligodT带条形码的孔。

单细胞分离后,将cellenCHIP密封并放入热循环仪中进行逆转录和模板转换反应cellenFUNNELS用于将反应混合物合并到微量离心管中,其余步骤(cDNA扩增,标记和文库扩增)按文献所述进行。

经过测序和生物信息学分析,所有3种酶均显示出可重复的结果。

RTase_1表现最佳,每个单细胞最多可检测7000个基因,而每个单细胞中值可检测5000个基因。

分析了所有文库(Bioanalyzer),并始终显示约500bp的片段。

优势

与多种市售酶和试剂兼容。

该方法适用于从几个(<100)到1000格的各种样本大小的样本。

在cellenCHIP中100nL裂解和RT联用的简化方案。

低PCR循环次数(<18),可最大程度地减少数据偏差并限制UMI复制。

在生物复制品中观察到高重现性。

高质量,背景极小或为零。

高性能,每个单细胞最多可检测到7000个基因(检测到中位数5000个基因),而所需的读取量却很少(每个单细胞中位数为100,000个映射读取)。